DMT in isolierter Form (als Salz oder Base) kann nur geraucht, geschnupft oder gespritzt werden. Die Wirkung setzt schon nach einigen Sekunden ein und dauert ca. 10 Minuten (bei intravenöser Injektion ca. 45 Minuten). Als Dosis werden 20 bis 100mg angegeben.

Bei oraler Einnahme wird der Wirkstoff vom Enzymkomplex Monoaminooxidase (MAO) abgebaut bevor er die Blut-Hirn-Schranke passieren kann. Um dies zu verhindern kann DMT zusammen mit MAO-Hemmern eingenommen werden. Eine Zubereitung, die DMT und MAO-Hemmer in Kombination enthält ist das sogenannte „Ajahuasca“. In der klassischen Form werden von den Amazonasindianern dazu die Blätter von Psychotria viridis (Chacruna, enthält DMT) zusammen mit Stängeln von Banisteriopsis caapi (Ajahuascaliane, enthält die MAO-Hemmer Harmin und Harmalin) zu einem übel schmeckenden Trank verarbeitet. Es gibt aber eine große Anzahl von Ajahuascaanlogen, die aus anderen Pflanzen mit DMT-Gehalt und verschiedenen MAO-Hemmern zubereitet werden.

Bei der Verwendung von chemischen Reinstoffen können 150mg Harminhydrochlorid und 15 bis 20 Minuten später 30 bis 60mg DMT eingenommen werden. Man spricht dann von „Pharmahuasca“.